Pierwotny kościół znajdował się na miejscu obecnej świątyni od niepamiętnych czasów. Spłonął w 1623 r., dlatego wybudowano nową, drewnianą świątynię. W roku 1624 sprowadzono do Świecia bernardynów z Bydgoszczy. Głównym fundatorem klasztoru był burmistrz Jerzy Kapel. W roku 1692 bernardyni przystąpili do budowy obecnego, murowanego kompleksu klasztornego. Budowa nowej świątyni trwała 28 lat, wraz z nią powstały budynki klasztorne. 3 października 1721 roku biskup kujawski Antoni Szembek poświęcił nowy kościół w którym umieszczono łaskami słynący obraz Matki Boskiej - nazwanej Świecką. W 1741 r. dobudowano krużganki otaczające dziedziniec przed kościołem oraz wieżę bramną i w ten sposób kompleks klasztorny nabrał dzisiejszego wyglądu. W świątyni znajduje się rokokowy ołtarz główny z 1767 r.. Wykonane w 1800 roku przez brata Paschalisa klasycystyczne ołtarze boczne są poświęcone zakonodawcom, św. Franciszkowi z Asyżu i św. Antoniemu z Padwy. Ambona pochodzi z przełomu XVII/XVIII wieku. W krużganku, we wnękach znajdują się obrazy ze scenami z życia Pana Jezusa – trzynaście rokokowych namalowanych w 1792 roku przez brata Linka – bernardyna; cztery namalowane na przełomie XIX/XX wieku w miejsce pierwotnych silnie zniszczonych. Klasztor został zniesiony przez rząd pruski kasatą w 1816 roku, w roku 1845 zabudowania klasztorne obrócono na szpital psychiatryczny. 1 marca 1974 r. biskup Bernard Czapliński erygował parafię Niepokalanego Poczęcia NMP w Świeciu, czyniąc z pobernardyńskiej świątyni kościół parafialny.